杏彩平台客户端学分子生物学必须知道哪些网站?

2024-04-13 06:28:33 来源:杏彩体育官网app 作者:杏彩体育平台登录

  小分子化合物是科学研究和药物研发中的重要组成部分。为了更好地了解这些化合物的性质、结构和用途,许多实用的信息查询网站涌现出来。本期,小陶就给大家介绍一些常用的小分子化合物信息查询网站,

  PubChem是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发和维护的一个免费的公共数据库,收录了全球范围内的化合物信息,包括有机化合物、药物、天然产物等。

  以Aspirin为例,PubChem可以帮助用户查找特定化合物的结构和性质,探索已知的生物活性数据,并在研究过程中提供宝贵的参考信息。

  Zinc是由美国加州大学旧金山分校(UCSF)创建和维护的数据库。该数据库汇集了大量化合物的信息,提供化合物的二维或三维结构以及各种附加信息。

  Zinc数据库中的化合物可以通过多种方式进行检索和筛选,包括结构相似性搜索、化学性质过滤、生物活性数据筛选等。用户可以根据特定的药物设计需求,使用这些搜索工具来获取合适的化合物。

  ChEMBL是一个专注于生物活性分子的数据库,主要聚焦于药物发现和药物研究。该数据库包含了来自文献、专利和药物注册的大量化合物活性数据。目前,该数据库已收集了15000多个靶点,240万个化合物,共有2000多万条生物活性信息。

  每个化合物条目都包含了其化学结构、物理化学性质、生物活性数据等信息,以及这些化合物与生物分子(如蛋白质、酶、离子通道等)之间的相互作用数据,包括药物的活性测定结果、结合亲和力、IC50、EC50、Ki(抑制常数)等。研究人员可以利用ChEMBL来寻找具有特定生物活性的化合物,并从中获取关于结构活性关系的见解。

  药筛网是由上海陶术生物开发和维护的小分子信息查询网站,可提供开源数据库Topscience database,为虚拟筛选用户提供筛选化合物、天然产物、活性化合物和片段化合物四大类别的化合物结构数据。该数据库目前收录了超过1330万个化合物的结构数据,其中现货供应率超过90%。

  药筛网支持类似物和衍生物的快速查询,帮助用户快速优化化合物结构,并完善SAR(构效关系)研究。


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