杏彩平台客户端:扎在冷门领域的先锋

2024-05-19 12:34:13来源:杏彩体育官网app 作者:杏彩体育平台登录

新闻摘要:  课题进展过半,钮世辉几乎到了山穷水尽的地步——购买实验试剂的钱都快挤不出来了。租用的超级计算机公司来催尾款,他只能打哈哈:“我们这么大的项目,怎么可能欠你钱呢?”  那是在2021年11月,钮世辉

  课题进展过半,钮世辉几乎到了山穷水尽的地步——购买实验试剂的钱都快挤不出来了。租用的超级计算机公司来催尾款,他只能打哈哈:“我们这么大的项目,怎么可能欠你钱呢?”

  那是在2021年11月,钮世辉时任北京林业大学生物科学与技术学院副教授,主要从事针叶树遗传育种方面的研究。这名85后学者和团队当时正在进行一个很多人眼中有些“疯狂”的计划——给我国重要的乡土针叶树种“中国松”绘制完整的基因图谱。

  从科学层面而言,这并不是项容易的工作,已知的100种松树基因组大小的平均数与中位数均超过了25Gb(十亿碱基)。中国松基因组是人类基因组大小的9倍,是杨树和桉树的60倍。如果将中国松的基因组比作一本“天书”,钮世辉团队要做的是读取其中的每一个段落,再根据上下文重叠,要从2.6万亿个字母中挑出254亿个,推断正确的连接方式,拼成完整的一本书。然而这本书其中许多段落看起来几乎完全一样,文中还没有任何空格与标点符号。

  这个项目的启动也是迫不得已。针叶树占据全球森林面积的39%,世界木材产量的45%来自针叶树。在我国,木材近年来对外依存度超过50%,而进口木材中超过70%属于针叶材。

  “往北极走,你见到最后的高大乔木是针叶树。爬雪山,在雪线以下最后的高大乔木也是针叶树。”这些环境恶劣的地方,往往只有针叶树能去填补生态位,从而改善那里的土壤、水分、小气候,其他的被子植物才能随之扎根,因此它被誉为“先锋树种”。

  然而,如此重要的树种,重要科研成果产出却出人意料得少,比如,仅以杨树为材料的国际期刊高水平论文产出就达到了针叶树的近20倍。对于大部分物种来说,基因组测序已经不再存在技术障碍,有数百种植物公布了全基因组图谱,“但一旦涉及针叶树,游戏规则就不一样了”。

  相关研究受制于遗传信息资源匮乏,被难以完成的全基因组测序“卡了脖子”。在此之前,已有来自瑞典、美国、加拿大、俄罗斯等国家的13个团队,自2013年起不断尝试进行挪威云杉、白云杉、火炬松等国际重要针叶树种基因组的组装和注释,有的项目花费了数百万美元,但经过验证,其基因测序结果的连续性均不太理想。

  和钮世辉预想的一样,2019年,当他四处递交中国松基因组的项目申请时,毫无悬念地被各种科研管理部门“毙掉”了。

  “我理解,一个比杨树难60倍的项目,全球十几个团队花了上亿元仍未解决,我说现在时机已经成熟,凭什么相信我一个小年轻啊?”钮世辉回想。

  2010年进入北京林业大学林木遗传育种专业读博时,他的研究方向还是“热乎的”杨树转基因育种,临近毕业,有教授鼓励他转去研究针叶树。

  可这一选择险些断送了钮世辉的科研生涯。2018年6月,钮世辉留校任教的第一个聘期到期,面临考核,但他已有将近5年没有新的重要成果产出,发表的寥寥3篇SCI论文都是依靠他在博士期间的研究积累。

  对于他的考核评价,考核组专门开会讨论。有领导说:“小钮不能不合格,他不合格就成笑话了,大家有目共睹,他对科研充满热情,而且这么努力,(是)整天不放假的人。”

  他的努力是公认的。在华南农业大学读硕士时,他的研究对象是我国南方的一种油料作物麻风树。他几乎跑遍了南方的几个省份,晒得黢黑,在海南的繁育基地进行种源试验,从中筛选出最好的种源,大幅度提升了麻风树的产量。

  到了博士阶段,转换到林木遗传育种方向需要从头学习分子生物学,他抱起相关书籍,每天早上8点半到实验室,晚上11点才离开,周六周日也是如此。用他的线年里,“去旁边五道口不超过10次”。

  这种工作状态几乎保持到现在。同事眼中,他是“天生的科研工作者”。在他带的第一个研究生马晶晶印象里,钮世辉几乎全年都在办公室和实验室做科研,过年也很少回家。假期里,学生们养的树苗等实验材料,都靠他浇水照顾。

  “大自然有个秘密,只等有人去发现它。而我最先发现了它,如果我不告诉你,全世界再也没有人知道这个秘密,这是很强的满足感。”钮世辉这样描述科研工作吸引他的地方。

  参加工作的头几年,他眼睁睁看着大学里从事针叶树研究的同行越来越少,而其他树种研究工作做得如火如荼。

  钮世辉坚信,“大雪压青松,青松挺且直”,坚持是有价值的,“得有人在这。如果没有针叶树,这里一直裸露,大风一刮把土都刮走了,环境是不会被改造好的。”生态系统中需要先锋树种,冷门领域也需要先锋研究者。

  很长一段时间内,几乎没人看好这个项目,包括最重要的合作者之一,瑞典农业大学森林遗传学首席教授吴夏明。

  作为针叶树种研究领域的国际知名专家,吴夏明曾长期对挪威云杉、欧洲赤松等树种开展遗传育种研究,发表了近百篇论文,被引用次数高达1000多次。

  2017年年底,吴夏明受聘北京林业大学高精尖创新中心研究组PI(主要研究者),希望能为国内针叶树遗传改良尽些力。最初中国松基因组测序的想法并不被他看好。

  相比中国松,他更希望完成杉木的测序与群体重测序,那是中国最重要的本土针叶树树种之一,也是中国最大的人工林树种。更重要的是,它的基因组大小不到中国松的一半,意味着成功的几率更大。

  针叶林的研究天生就带“刺”。针叶树是“反模式物种”,不仅个体大小是模式植物拟南芥的十倍至近百倍,生命周期也是它的几百倍。

  拟南芥、杨树、水稻、玉米等被子植物,已经具备成熟的研究体系,而且相互之间可以相互借鉴。但针叶树与被子植物在两亿年前就已经分化,差异太大了,针叶树既没有自己的研究体系,也很难借鉴被子植物的研究进展。

  “聪明人不干这事儿。”钮世辉曾经测算过,如果对8个中国松的样品进行测序,用同样的研究经费,杨树样品能测440个,拟南芥样品能测1638个。很多研究因为经费限制根本没有办法开展,造成研究基础极其薄弱。

  马晶晶在校时,实验试剂、测序费用,还有一次性的培养皿、移液枪头等耗材,实验室1个月就是好几万元的开销。

  不少成熟的分子生物学研究工具,因为没有人在针叶树种上成功使用过,需要研究者重新摸索实验的每一个细节。

  从2016年入学起,马晶晶仅从第一步提取针叶上的RNA遗传信息,就体会到比其他树种复杂。中国松针叶上布满了油脂,会产生很多次生代谢物,影响RNA的提取。为此,她尝试了很久,还去别的团队学习,“一些细节没有注意到就可能一无所获”。

  钮世辉举例,降解植物细胞壁一般会用到4种酶,而每一种酶又有四五种型号,这在被子植物中已经有非常完善的体系,但在针叶树中,选用哪一种有效,用多少量……都需要反复尝试。

  结果他发现,最有效的酶使用在中国松上,需要达到被子植物用量的20倍才能产生效果。使用植物激素处理时,在失败了很多次以后,他才发现中国松用量至少要达到被子植物的100倍才有效果。

  这个过程在钮世辉看来“费力不讨好”——技术似乎很成熟,却又没法直接运用,耗费很大精力把它改造成功了,在他人看来又没有什么创新性。

  刚开始研究针叶树时,钮世辉曾到过人迹罕至的原始松林,高耸的松树密密麻麻,浓密的绿色包裹着整座山,仅有几缕阳光透下来,显得格外壮美。每到一个育种基地调研,他都会采回几个不同针叶树的球果,办公室和家里书柜上摆满了各种大小的松果。

  但慢慢地,随着“干啥啥不成”,他和针叶树“相看两厌”,把球果都收了起来,吐槽“这玩意儿,难怪没人研究”。

  时间几乎是所有针叶树研究者的敌人。针叶树从小苗到开花结实通常要数年甚至二十几年,“生儿育女”的育种周期极其漫长。

  如何缩短育种周期是每一个针叶树研究者的终极梦想。从转行研究针叶树以来,钮世辉时不时就会想到,自己退休以后,一个年轻人突然跑过来告诉他:“老师,感谢您花了一辈子将育种周期推进了一代,我们现在每两年就能干一轮了。”梦里的他“血压飙升250,一口老血喷10丈”。

  吴夏明的加入让项目有了眉目,打动他的是钮世辉大量尚未公开发表的研究进展。那时,团队鉴定到一个与中国松年龄信号显著相关的基因模块,其中一个基因被称之为“针叶树年龄分子时钟”,年龄越大的松树中它的表达量就越高,可以很精确地判断松树的年龄。

  我国现存的16个国家级油松良种基地,很多是钮世辉导师的导师、北京林业大学教授、林木遗传育种学家沈熙环在20世纪80年代主持建设的。这些良种基地汇集了当时全国范围内筛选收集的良种优树,“随着经济发展,很多地方的天然林都没有了,抢救下来了一批,以后再想干这个事就再也干不了。”

  2019年以前,80多岁的沈熙环先生还跑遍了每一个基地,关注育种的最新进展。然而,近年来随着身体的变化,年逾九十的他不得不减少了外出的活动。

  相比之下,在海南的南繁中心,研究人员的水稻1年可以繁殖3代。这让钮世辉感慨,这一年的工作换成针叶树便几乎超过了自己的整个职业生涯。必须改变现状,“如果世上需要这么一个搅局的年轻人出现,我希望那是我。”

  随着第三代基因测序技术取得突破,钮世辉也意识到,技术发展已经积累到了转折点,自己有机会成为那个“搅局者”。“相当于原来的技术每次只能读几百个字母,现在可以一次读1万个字母。”他打比方。

  但这位副教授彼时能调动的资源极其有限,经四处筹措,最初项目经费只有80余万元。而美国同期竞争项目,投入经费达500万美元,约合3000多万元人民币,瑞典的相关项目更是获得了高达1亿元的经费资助。

  他花了半年时间,考察和游说了七八家测序公司,给他们“画饼”:2005年,《科学》(Science)在创刊125年时,提出了125个最重要的前沿科学问题,其中第66个问题是:“为什么一些基因组很大,另一些则相当紧凑?”

  “这个项目是有风险、有挑战的,但风险主要在我,只要你支持我把这个项目做成功,它就是个标杆,那是最好的广告。”钮世辉的话很有煽动性,“之后你们出去接任何项目,都可以告诉别人,中国松是我们做的,别的小项目算什么啊?”最终,一家测序公司答应以成本价格为其测序。

  另一个需要解决的问题则是算力。“用办公室的台式机去计算,需要至少连续计算50年不关机。”他又瞄上了阿里云,又一通“画饼”,也打动了阿里云的工程师。

  “他是非常容易能够让别人看到光的人。”马晶晶全程围观了钮世辉的“画饼”,在她看来,钮世辉就像一株松,扎根这一领域,用事实和对未来的展望来感染别人。

  “实际上每个人都是理想主义者,只不过有时候被各种挫折慢慢磨平了,这种理想主义在某一刻可以被重新唤醒。”在钮世辉看来,这更是一次孤注一掷的冒险。项目并未获得专项资金支持,一旦失败,或者迟迟无法突。


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